Після проголошення Берестейської унії в 1596 році поступово майже всі православні єпископи Київської митрополії перейшли в унійну церкву чи померли. На 1620 рік єдиним православним єпископом Речі Посполитої вже протягом 10 років був єпископ Галицький, Львівський та Кам’янець-Подільський Єремія Тисаровський, від якого також вимагали перейти в унію. Але в 1620 році, внаслідок переговорів гетьмана Петра Конашевича-Сагайдачного з Константинопольським та Єрусалимським патріархами, православна ієрархія в Києві була відновлена.
Перехід православних ієрархів до унії суттєво ускладнив життя православних українців у Речі Посполитій, але остаточно воно не припинилося. Певний час апостольське преємство зберігали православні єпископи Гедеон Балабан (помер у 1607 році) та Михайло Копистенський (помер у 1610), а також висвячений вже після Берестейської унії єпископ Єремія Тисаровський. Продовжували свою діяльність Львівське, Луцьке, Віленське, Київське православні братства, Острозька академія. В 1616 році з’явилася потужна православна друкарня в Києво-Печерській лаврі, де діяв також православний богословський гурток. Останній об’єднав таких відомих діячів, як архімандрит Єлисей Плетенецький, Захарія Копистенський (родич єпископа Михайла Копистенського), Іов Борецький, Памво Беринда та інші. Православним залишалося Військо Запорозьке, очолюване випускником Острозької академії та палким супротивником унії гетьманом Петром Конашевичем-Сагайдачним.
Перемовини з Єрусалимським патріархом Феофаном ІІІ, імовірно, відбулися під час його візиту в 1619-1620 роках до Москви, де він після висвячення Московського патріарха Філарета кілька місяців залишався на чолі міжцерковної делегації. 25 березня 1620 року патріарх Феофаном із іншими церковними діячами, зокрема з екзархом Константинопольського патріарха Арсенієм, прибув до Києва. Оселившись у Київському Братському Богоявленському монастирі, патріарх почав брати участь у підготовці оновлення православної Київської митрополії. В травні патріарх Феофан надав Київському братству, яке утримувало монастир і школу при ньому, статус ставропігійного, тобто воно безпосередньо перейшло в підпорядкування патріарху, а не київській церковній ієрархії, на той момент уніатській. Також у цей час до Києва прибули Софійський митрополит Неофіт і Стагонський єпископ Авраамій. Патріарх Феофан ІІІ також розіслав грамоти до православних Речі Посполитої щодо кандидатур майбутніх єпископів.
В другій половині серпня 1620 року, таємно від польської влади (Речь Посполита на той момент не визнавала можливості відновлення православної Київської митрополії) були висвячені єпископи для української церкви. Митрополитом Київським, Галицьким і Всієї Русі став ігумен Михайлівського Золотоверхого монастиря Іов Борецький, єпископи були поставлені також для Луцька, Перемишля, Холма, Пінська та інших кафедральних міст. Через відновлення православної ієрархії патріарх Феофан ІІІ був оголошений поляками шпигуном, лише на початку наступного року він зміг залишити Речь Посполиту під охороною козаків. Король Сигизмунд ІІІ до кінця життя не визнавав прав відновленої православної церкви, і лише 12 березня 1633 р. наступник Іова Борецького митрополит Петро Могила отримає офіційну грамоту від наступного польського короля Владислава IV, який тим самим підтвердиь право православних мати власну ієрархію в Речі Посполитій.
Після відновлення в 1620 році православної Київської митрополії новопризначений митрополит Іов Борецький активно сприяв православним братствам і братським школам. Ще до того, як став митрополитом, він був ректором Львівської, а потім і Київської братських шкіл. Очоливши православну ієрархію, він заснував братські школи в інших містах, задля просування православної освіти та протидії унії. Пізніше того ж року в Константинополі став патріархом Кирило Лукаріс, який починав свою церковну кар’єру саме на українських землях, намагаючись протидіяти унії та працюючи на розвиток православної освіти, зокрема, Острозької академії. Окрім просвітницької діяльності, обох ієрархів (Київська митрополія на той момент, попри відновлення зусиллями Єрусалимського патріарха, залишалася в юрисдикції Константинопольського патріархату) об’єднували палка нелюбов до католицизму, а відтак і унії, та готовність об’єднати зусилля з протестантами.
Втім, за кілька років митрополит Іов Борецький почав шукати союзу з молодим Московським царем Михайлом Федоровичем, та його батьком Московським патріархом Філаретом, якому насправді належала на той момент значна частина влади в державі. Не отримавши допомоги з жодного боку, зрештою митпрополит Іов почав міркувати і про об’єднання з унійною ієрархією, але ці плани були перервані його смертю в 1631 році. Невдовзі помер і польський король Сигізмунд ІІІ, і православна спільнота нарешті отримала в березні 1633 року «Пункти для заспокоєння коронних і Великого князівства Литовського обивателів руського народу, які сповідують грецьку релігію», якими її права було офіційно підтверджено.
